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一、研究背景与挑战概述
1. BraTS挑战赛
- BraTS（Multimodal Brain Tumor Segmentation） 是MICCAI中最具影响力的医学图像分割挑战赛之一。
- 目标：从多模态3D MRI中分割脑肿瘤的不同子区域。
- BraTS 2023包含5个子任务：
- 成人胶质瘤分割（延续2021年）
- 脑膜瘤分割（首次引入）
- 撒哈拉以南非洲胶质瘤分割（BraTS-Africa，首次引入）
- 儿童胶质瘤分割（首次引入）
- 脑转移瘤分割（首次引入）
2. 数据特点
- 多模态MRI：T1、T1c（对比增强T1）、T2、FLAIR。
- 预处理：刚性配准、重采样至1×1×1 mm³、去颅骨。
- 标签：三个嵌套子区域（见图1）：
- 增强肿瘤（ET，黄色）：活跃肿瘤区域。
- 肿瘤核心（TC，红色+黄色）：包括增强肿瘤和坏死/非增强核心。
- 全肿瘤（WT，绿色+黄色+红色）：包括所有可见肿瘤区域（含水肿）。
二、方法核心：Auto3DSeg框架
1. 框架概述
- 使用 MONAI库中的Auto3DSeg 工具，实现端到端的自动化3D分割流程。
- 用户输入极简：只需一个YAML配置文件，包含数据路径、模态和类别定义。
- 系统自动完成：数据统计分析、超参数配置、训练、推理和集成。
2. 关键配置
modality: MRI
datalist
