文章目录
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- 介绍
- 文献信息
- 原图解读
- 图形元素
- 复现思路
- 数据下载
- 加载数据
- 构造模拟 PCoA 数据
- 计算受试者椭圆
- 绘制同一受试者的点、线和椭圆
- 绘制 Figure 3A
- 绘制 Figure 3E
- 导出图片
- 一键运行
介绍
在肠道菌群干预研究中，一个重要问题是：饮食干预是否会让受试者整体菌群结构发生大幅偏移，还是每个人仍然保持稳定而独特的微生物组特征？
本教程复现的图来自 Bread Affects Clinical Parameters and Induces Gut Microbiome-Associated Personal Glycemic Responses 的 Figure 3A 和 Figure 3E。原图用 PCoA 坐标、受试者内椭圆和多时间点样本展示了一个核心结果：同一个人的多次粪便样本在二维空间中聚集，而不同个体之间的重叠较少，说明整体 gut microbiota species composition 在研究期间相对稳定。
文献信息
Korem, T. et al. Bread Affects Clinical Parameters and Induces Gut Microbiome-Associated Personal Glycemic Responses. Cell Metabolism (2017). Figure 3A and 3E.
原图解读
Figure 3 的标题为 Overall Gut Microbiota Species Composition Remai
