摘要
中医药的安全性与现代化是人类健康的重要关切。近年来，部分中药使用引发的不良反应被频繁报道。尽管中药可能产生毒性反应，但其在治疗多种复杂疾病中仍发挥关键作用，因此中药毒性研究对安全用药至关重要。然而，现有中药数据库主要聚焦药理作用，对毒性关注不足，既未区分方剂、中药、成分的毒性效应，也未对特定毒性表型的靶点进行分类汇总，更未整合前期研究证据。本研究构建了专注于中药毒性与安全用药的综合性数据库TCMToxDB，系统整合并解析有毒中药的研究成果，为用户提供多元信息获取与分析服务；同时集成5种各具优势的经典中药-靶点、成分-靶点互作预测算法，支持中药与成分的毒性靶点预测，助力中药毒性研究并满足个性化需求。
数据库访问地址
https://www.sdu-idea.cn/TCMToxDB
guoxian85@gmail.com
#中医药 #毒性 #数据库 #靶点预测 #毒性分析
材料与方法
TCMToxDB整体框架
图1 TCMToxDB框架概览
(A) TCMToxDB基础数据包含方剂、中药、成分、靶点的基础信息，以及方剂-中药、中药-成分、中药-靶点、成分-靶点互作信息，数据由MySQL存储。
(B) 数据浏览与分析包含6个部分：信息检索与浏览、数据下载、详情信息、毒性记录、关联网络分析、毒性靶点分析。
(C) 毒性靶点预测：TCMToxDB提供自动化流程的计算工具，用于预测中药与成分的毒性靶点。
数据来源与采集
表1 TCMToxDB数据来源
列出各类数据的类型、规模、来源及访问链接
检索与浏览
图2 TCMToxDB使用流程
(A) 可通过拼音、汉字、拉丁名等关键词检索中药。
(B) 浏览中药信息，点击饼图扇区查看不同类型数据。
(C) 详情页面摘要面板展示方剂、中药、成分、靶点的描述信息。
(D) 中药相关毒性结果，以列表形式提供对应文献描述与链接。
(E) 中药-成分-靶点互作网络分析，节点按来源组分着色；鼠标悬停于节点可高亮节点及关联边，并显示名称。
(F) 毒性靶点分析：TCMToxDB提供3种毒性靶点分析功能，分别为毒性靶点分类统计、毒性靶点聚类、毒性靶点通路分析。
(G) 毒性靶点预测：TCMToxDB提供2类毒性靶点预测任务，分别为中药毒性靶点预测、成分毒性靶点预测。
结果
与相关数据库的对比
表2 中医药相关毒性数据库主要特征对比
对比各数据库的核心特征与中医药毒性研究的关联
实验设置
表3 毒性靶点预测方法的训练数据
展示中药功效、归经、药性，成分SMILES，靶点序列，中药-靶点、成分-靶点互作的训练数据规模与使用情况
中药毒性靶点预测
表4 毒性靶点预测方法性能
展示中药与成分毒性靶点预测任务中，各算法的AUROC、AUPRC、F1值、精确率、召回率、特异性
图3 基于HGNA-HTI预测的毒性靶点互作网络与富集分析
(A) 由HGNA-HTI预测的毒性靶点-靶点互作网络，节点大小与颜色对应度值与FDR值，FDR值越小显著性越高。
(B)(C) 分别展示FDR值更小的前20条富集KEGG通路与GO条目。
成分毒性靶点预测
图4 成分甲基丁香酚与DrugBAN预测的毒性靶点的最低结合能分子对接结果
(A) 由DrugBAN预测的成分甲基丁香酚的毒性靶点（PLAU、PTGS2、PHF14）；
(B) 丁香酚-PLAU对接结果；
(C) 甲基丁香酚-PTGS2对接结果；
(D) 甲基丁香酚-PHF14对接结果。
表5 成分甲基丁香酚与DrugBAN预测毒性靶点的分子对接结果
列出每个靶点-成分对排名前5的结合能、空腔体积、中心坐标、对接尺寸
详细总结
思维导图
数据来源
预测算法性能
对比现有数据库优势
参考
Database (Oxford). 2026 Jan 15:2026:baag019. doi: 10.1093/database/baag019.
TCMToxDB: a comprehensive database for the toxicological analysis of traditional Chinese medicines
260416TCMToxDB.pdf
注：AI辅助创作，如有不当欢迎指出。内容仅供参考，不构成任何建议。
