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利用重测序数据画PCA

软件:VCF2PCACluster

VCF2PCACluster软件的安装与使用

下载地址:git clone https://github.com/hewm2008/VCF2PCACluster

下载完成后:

cd VCF2PCACluster; chmod 755 bin/*

./bin/VCF2PCACluster  -h  #  直接运行 

每次使用的时候记得加上VCF2PCACluster的实际路径

运行命令

nohup /home/huwei/biosoftware/VCF2PCACluster/bin/VCF2PCACluster
-InVCF ../1.SNP/Zea_mays.raw.filter.snp.vcf
-OutPut /data/huwei/01.prj/05.GWAS/pstructure/OUT
> output.log 2>&1 &

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