自学转方向生信人的MD操作经验分享，非大佬，硬核无广
自然生理状态下蛋白质残基（res）会形成多种翻译后修饰（PTM），如磷酸化、乙酰化、甲基化、糖基化、泛素化等。这些修饰会对蛋白质的稳定性、性能、互作结合能力产生影响，因此通过分子动力学（MD）模拟探究修饰的影响是每个做MD的人都会面对的。然而目前关于如何对目标模型进行PTM的介绍较少，本文将给出从PTM到选择力场到完成MD的完整可重复流程，希望朋友们刷到的时候能有所帮助。首先介绍一下可能完成修饰任务的软件及其优缺点：
（1）ChimeraX：简洁美观的现代结构可视化软件，我未找到实现修饰的手段
（2）CHARMM-GUI：适合CHARMM力场的预处理软件，但注册需审核，流程长且容易被驳回
（3）Vienna-PTM：专业PTM平台，基于AmberTool，目前网页版无法使用
（4）AmberTool：服务于Amber力场的插件，pdb2gmx时脚本调用
（5）PyTM：pymol插件，python命令集功能齐全，具有图形界面，本文主要介绍
pyTM安装流程：
打开pymol，Plugin –> Plugin Manager –> Install New Plugin，URL区域输入https://raw.githubusercontent.com/Pymol-Scripts/Pymol-script-repo/master/plugins/pytms.py，点击Fetch安装，之后通过Plugin –> Legacy Plugins –> PyTMs可打开图形界面
PyTM使用流程：
以我在做的TUBA蛋白K40乙酰化为例，在pymol下方命令行依次逐条输入以下命令：
# 加载结构
load your_model.pdb
# 选择残基（依次为 命名，链名，残基号，残基名）
select k40, chain A and resi 40 and resn LYS
完成上述流程后打开PyTM，如图设定即可：
注：Position为了避免N端乙酰化我们选择Lysines only；clashes项是消除原子冲突的，在MD过程会涉及选择NO即可；Hydrogens保持as is；最后一项不勾选quiet，这是静默输出的意思
检验：
在pymol命令行逐行输入以下命令：
# 注意此时resn为ALY
select k40, chain A and resi 40 and resn ALY
# 查看LYS是否在N原子上连接了CO-CH3
show sticks, chain A and resi 40
# 遍历k40现在的原子，应该为12个重链
iterate chain A and resi 40, print(name, resn)
#输出如下，末尾的三个原子是新添加的，该写法是标准的，并非羟乙基
# N ALY
# CA ALY
# C ALY
# O ALY
# CB ALY
# CG ALY
# CD ALY
# CE ALY
# NZ ALY
# CH ALY
# CH3 ALY
# OH ALY
ALY图示，以我的K40乙酰化为例：
MD模拟选择：
适配CHARMM36力场，逐步在GROMACS环境下配置即可
文章暂未完成，会尽快更新
