全球首个！打通宏观生态互作与分子蛋白互作

动机

生态系统中的物种常通过分子互作介导核心生物学过程，例如参与宿主-病原体识别与共生的蛋白-蛋白互作。在分子层面解析这些互作，是阐明种间互作的作用机制、进化规律与功能基础的核心前提，也可为潜在的治疗干预策略提供依据。但目前领域内缺乏具备分子分辨率的综合型种间互作数据库，且实验数据储备有限，严重制约了相关研究进展。

hadeer.elhabashy@uni-bayreuth.de

#种间互作 #生态互作网络 #宿主病原体互作 #蛋白蛋白互作 #开源生物信息数据库 #分类学标准化

引言

表1  ISDB整合数据集的核心特征汇总

本表汇总了ISDB纳入的各数据集核心属性，包括从各数据源提取的物种数、物种配对数与蛋白-蛋白互作数量；「交叉关联蛋白-蛋白互作数」列表示ISDB内对应各数据源的物种配对中，已完成审编的蛋白-蛋白互作数量。表中同时标注各数据集是否提供互作类型本体分类、参考文献引用与批量下载功能。数据库类型标识各资源的核心定位，分类代码如下：E（生态互作）、HP（宿主-病原体互作）、M（分子互作）。

材料与方法

工作流程

图1  ISDB构建流程与数据特征示意图

(A) ISDB构建核心步骤流程图，涵盖数据获取、数据标准化、分类学注释与数据聚合输出4个环节；

(B) 按生物超界划分的物种数量占比环形图；

(C) 按生物超界组合划分的物种互作占比环形图；

(D) 经ISDB网页界面检索得到的麻疹病毒（分类单元编号：11234）种间互作网络图，展示已记录的28种宿主生物；2节点间存在多条连线，代表2者间有已收录的多条蛋白-蛋白互作条目；

(E) ISDB内种间互作网络示例，节点代表物种（标注物种学名与NCBI分类单元编号），连线代表已被文献记录的种间互作关系。

结果

本文构建了互作物种数据库（ISDB），是套系统收录种间互作的综合资源，所有互作记录均标注NCBI分类单元编号、互作类型及已知分子互作信息。目前ISDB共覆盖261,287种生物，包含858,229对互作物种配对、171,713条种间蛋白-蛋白互作数据。数据库支持科研人员检索、下载种间互作数据，同时开放用户数据提交通道，可为多研究领域的生态动态分析提供数据支撑。

可行性

ISDB可通过网页界面访问

https://www.elhabashylab.org/isdb

开源代码基于MIT协议托管于GitHub

https://github.com/ElhabashyLab/ISDB

数据集已在Zenodo平台永久存档，版本v1.0.1，DOI

10.5281/zenodo.20162385

详细总结

思维导图

参考

Bioinformatics. 2026 Jun 25:btag419. doi: 10.1093/bioinformatics/btag419.  

Interacting Species Database (ISDB): Comprehensive Resource for Interspecies Interactions at the Molecular Level

注：AI辅助创作，如有不当欢迎指出。内容仅供参考，不构成任何建议。