# **SeekSpace\\_V2学习手册*
关于SeekSpace的详细介绍可参考当空转遇上单细胞~。不同于我们以往介绍的空转建库策略，SeekSpace利用的其实是一种反向渗透的原理，通过芯片上标记序列的释放向细胞核内做透化，这样带有标记序列的细胞核可以进一步参与后续的单细胞水平建库。换言之，大家最后拿到的是一套结构近似于单细胞测序的数据。这样更能够无缝的衔接到我们此前的单细胞教程中scRNA-seq数据分析小白全程班，可以直接在Seurat和Scanpy等大家常用的单细胞工具中分析SeekSpace平台的数据。
现SeekSpace已推出V2版本，试剂盒由SeekSpace® 单细胞空间转录组试剂盒V1.0升级为V1.1，–chemistry由DDVS升级为DDVA，芯片编号由2P231224030A4升级为2P250528047C3;相应的，其定量配套软件SeekSpace® Tools也从此前的v1.0.0更新为v1.0.2。在细胞捕获Feature、Count数上相较于上一代均有肉眼可见的提升，Count和Feature数中位数均大大提升，线粒体污染也降到0.17了%：
自然而然，maker质量也是火箭般上升，对于数据的注释更加容易了：
本学习手册将开展详细测评，带领大家一同完成SeekSpace_V2的使用与学习。更多、更系统的空间转录组课程可见：Python空间转录组分析全程班。对SeekSpace感兴趣的同学也可以添加[Biomamba_zhushou]领取资料+添加交流群。
本教程可视化集锦
更多生信教程可见：生信基地终身订阅须知
编程基础
本教程整个分析过程中需要掌握R语言和Linux的，因此，已整理过一些大家常用的R语言与Linux的命令供大家学习：
十小时学会Linux
R语言基础学习手册
可配套视频课程学习：5.5h入门R语言
-Biomamba
所见即所得
学习手册以html文件格式提供，可在浏览器中打开并翻阅学习： 
教程目录：
一、准备工作
1.1 编程基础
1.2 硬件基础
二、SeekSpace背景介绍
2.1 介绍
2.2 版本换新
2.3 本文资料下载
三、SeekSpace® Tools
3.1 软件下载
3.2 软件安装
3.3 安装激活
3.4 测序数据与参与基因组下载
3.5 命令选项参数介绍
3.6 V1版本demo数据定量
3.7 V2版本nao_CS数据定量
3.8 结果文件说明
四、基础分析
4.1 文件说明
4.2 读入数据并创建对象
4.3 添加空间坐标
4.4 预处理与聚类
五、细胞注释
5.1 参考数据集
5.2 Transferlabel细胞注释
5.3 展示marker
5.4 图像的重对齐
5.5 添加DAPI与H&E图像
5.6 空间中展示marker
5.7 两组数据对比
六、banksy空间区域分析
6.1 banksy介绍
6.2 banksy实操
七、CellCharter细胞群共定位
7.1 CellCharter介绍
7.2 CellCharter安装
八、SeekSpace细胞通讯
8.1 CellChat
8.2 加载数据和构建CellChat对象
8.3 加载配受体数据库
8.4 表达数据预处理
8.5 细胞通讯网络推断
8.6 可视化
8.7 交互式操作
演示环境
参考
文末下载链接中包含以下内容：
测试文件约311GB，大家注意按需下载！
学习手册
与以往的教程一样，我们给大家准备了SeekSpace数据分析的学习手册及对应测试文件，大家可以添加[Biomamba_zhushou]回复关键字"SeekSpace_V2学习手册"领取，文件链接：https://pan.baidu.com/s/1nVsdZcBaU2L4hA3gdqavYg
